Нарушенные человеком или природой экосистемы выделяются развитием эрозии почв, вымыванием из нее питательных веществ (биогенов), усилением поверхностного стока и насыщением водоемов биогенами и твердыми частицами. В этих условиях активно развивается фитопланктон, вода мутнее и резко ухудшаются условия для развития бентосной растительности. Твердые частицы (наносы) постепенно откладываются на дне водоема и еще заметнее отягощают условие формирования бентоса; фитопланктон резко сокращает прохождение света вглубь, что снижает фотосинтез бентоса, а наносы способствуют снижению содержания растворенного в воде кислорода. Фитопланктон, выделяющих большое количество кислорода (О2) в процессе фотосинтеза, не обогащает им глубинные слои воды, и О2 улетучивается в воздух.
Фитопланктон быстро растет и размножается и активно отмирает, и оседает на дне водоема, еще сильнее отягощая условия бентоса. Бактерии и другие редуценты, перерабатывая детрит (отмершая часть фитопланктона) используют также свободный О2, что еще сильнее ухудшает условие развития бентоса и «привязанных» к нему глубоководных животных и рыб, что ведет к их гибели.
В загрязненных водоемах поверхностные воды обогащены растворенным О2, а глубинные даже в эвфонической зоне весьма им обеднены.
Вместе с этим идет накопление биогенов в водоемах: с отмершими частями водорослей они попадают на дно, где за счет работы редуцентов освобождаются, затем конвенционными потоками за счет разницы температуры (холодная более плотная вода опускается вниз, а теплая поднимается вверх) возвращается к поверхности, снова используется фитопланктоном, и так повторяется многократно.
Эвтрофикация является основной причиной смены экосистемы водоема.
Такие водоемы по общей продуктивности за счет фитопланктона могут превышать естественные системы и даже общая масса рыбы в ней может быть не ниже, но видовой состав вновь сформировавшейся экосистемы будет сильно обеднен, плюс плохое качество продукции. Водоемы, особенно закрытые (озера, лагуны, лиманы и т.д.), в естественных условиях в длительной перспективе обогащаются биогенами и твердыми частицами из экосистем суши, но эти процессы идут относительно медленно и практически не изменяют в течение длительного периода состав и структуру их поверхностных и глубинных сообществ. Это так называемая – естественная эвтрофикация. Человек ускорил и усилил все процессы эвтрофикации, в этом плане ее рассматривают как антропогенную.
Одним из условий эвтрофкации водоемов являются наносы. Основной их источник – это эрозия обрабатываемых земель. Среди источников наносов по убывающей степени их влияния следует: пашни – овраги – стройплощади – вырубка леса – перевыпасаемые пашни – эрозия берегов – оголенные участки вдоль дорог и вокруг строек, проходы машин по склонам, выпасаемые скотом поймы во влажном состоянии.
Различные биогены присоединяются к взвешенным в воде частицам гумуса и глины и являются постоянными компонентами смывов почвы. Иными словами источниками биогенов являются все наносы: смываемые удобрения с полей, садов, с городских газонов, смываемые с территорий пастбищ и вокруг ферм экскременты и другие выделения животных; фильтраты бытовых отходов; - биогены бытовых отходов, - смываемые из городов и поселков отходы и выделения домашних животных, - экскременты и выделения людей; с экскрементами в водоемы поступает огромное количество биогенов – нитратов, фосфатов, калийных соединений и т.д.; кислотные осадки, дающие до четверти азота, поступающего в водные системы.
